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00.Inbox
Digital Garden Index
01.Projects
01.Population_Genetics
map
02.BI&GBC
01.Breed_Assignment
script
机器学习预测概率predict_proba的本质
02.GBC
Admixture model by L-BFGS-B method
GBC estimation using Linear Model
利用线性模型估计GBC
03.Meat quality & NIRS
01.肉质性状解析
00.肉质数据预处理和矫正
屠宰后牛肉pH值变化过程
肉质性状表型矫正
肉质性状解析项目研究计划和整体进展
04.Imputation
普通牛填充面板准确性测试
02.Areas
01.Programing
01.Unix
00.Configure
Linux不支持外接硬盘exfat和NTFS的文件系统的解决方法
Linux服务器配置
Mac终端配置
命令行的艺术
增加sudoer并修改提示语
如何使 SSH 会话保持活动状态
如何让终端也走代理（clash版）
添加用户
用户密码文件shadow的解释说明
通过iCloud在多个Mac设备上同步配置
02.Unix Commands
awk
03.Software
Tmux教程
04.HPC
SSHFS 挂载远程服务器目录
内网服务器端口转发
集群节点间免密登陆
02.Python
01.python基础
一篇文章让你掌握 Python
03.高级特性
python命令行直接执行代码或嵌入shell语句
05.标准库和第三方库
02.第三方库
02.pandas
更改df的列名
03.typer
typer为脚本添加命令行参数
04.pickle
pickle模块进行对象的序列化
05.joblib
joblib对象序列化和反序列化
pickle与joblib的区别
06.streamlit
01.Get started
30天学会streamlit
02.Develop
01.Concepts
01.Architecture & execution
Caching
Session State
04.Quick reference
streamlit cheat sheet
04.Knowledge base
anchor link
部署应用程序时管理依赖项
30天学会streamlit
anchor link
Caching
Session State
streamlit cheat sheet
部署应用程序时管理依赖项
06.数据分析与可视化
statsmodels库中sm.OLS和smf.ols的区别
conda相关
conda-libmamba-solver报错
Jupyter notebook
Jupyter notebook 插件安装
Jupyter notebook(lab) 安装与下载
Jupyter notebook中使用R语言内核
Jupyter notebook当中matplotlib无法显示中文
03.R
01.基础语法与使用
dataframe和matrix格式有什么区别
02.数据处理与统计
R语言中lm和glm与lmer的区别
用户自定义二元运算符
等号与赋值符号
05.HTML&CSS
02.Basic web pages
03.Links and images
Others
Git
Git 帮助手册
如何优雅的玩转 Git
LaTex
LaTeX公式
Regex
正则表达式
02.Bioinfomatics
01.Knowledge
01.Evolution
真兽亚纲（兽亚纲 Theria 真兽下纲 Eutheria）
突变与自然选择的关系
03.Population Genetics
FIS
奠基者效应与瓶颈效应
瓦伦德效应 Wahlund effect
04.Quantitative genetics
01.矩阵代数
矩阵代数
02.线性模型基础
常规最小二乘(ordinary least squares, OLS)估计
湘农数量遗传学培训笔记
05.Statistics
贝叶斯相关
贝叶斯分类器就是朴素贝叶斯吗，朴素贝叶斯和贝叶斯定理，贝叶斯统计学的关系是什么？
贝叶斯分类器（朴素贝叶斯）的实例应用——以品种鉴定为例
贝叶斯定理及其应用
贝叶斯定理的应用——雷琼牛精准鉴定
贝叶斯相关问题
阮一峰：朴素贝叶斯分类器的应用
Pearson vs Spearman 相关
样本量与P值关系解析
自由度和样本方差
02.Technology
00.Common
BCFtools
bcftools安装
PLINK
plink重编码为raw文件时以reference allele计数
01.Variants_calling
00.Variants calling Q&A
01.SNP_calling
02.Annotation
03.Prune
04.Phase and imputation
BaseNumber calling pipeline
Illumina TOP-BOT Strand and A-B Allele
02.Population_Genetics
01.Tree
01.Tree
02.PCA
02.PCA
03.Admixture
03.Admixture
supervised admixture
03.Diversity
近交系数heterozygosity
04.Population_history
01.Gene_flow
04.Selective_sweep
00.Visualization
01.Fst
02.pi
03.Tajima’s D
04.XP-EHH
99.Enrichment
05.GWAS
EMMAX进行GWAS
GWAS using GEMMA
Using PLINK for Genome-Wide Association Study
曼哈顿图可视化
06.GS
GS基础知识
rrBLUP
99.Visualization
等位基因频率饼图
选择信号加基因结构图
03.Resources
Obsidian
LaTeX 数学公式
Markdown语法
Style setting
04.Archives
屠宰实验场材料准备
机器学习常见概念及重要术语
肉质性状解析项目研究计划和整体进展
研究计划
研究背景
鸭肉质性状解析：
liu2023
材料和数据
5800条肉质数据（感官评价、物性指标、营养物质含量：水分、粗脂肪、粗蛋白；微量元素；氨基酸；脂肪酸）
肉质数据测定方法写作
配套的基因组数据（目前对应到1800头）
LCMS测代谢组
GCMS测挥发性物质
研究内容和预期结果
表型 代谢物 挥发性物质的表征，相关性
GWAS
肉质数据的表型和基因型进行GWAS，确定重点关注的性状
mGWAS
存在的问题
研究进展
表型矫正
肉质性状表型矫正
表型相关
肉色感官评分与Lab色度值之间的关系
GWAS
肉质数据的GWAS
